很多大棚生产过程中，对土壤做了薄膜覆盖，得不到阳光的照射和雨水的“滋润”，因为植物结构单一，就容易造成土壤养分失衡问题，影响植物的产量和品质，这是目前大棚种植所面临且需要解决的问题。大棚内土壤养分的分析可以利用土壤氮磷钾检测仪进行分析测定。
有研究发现：在施肥量相同的情况下大棚生产的耕层土壤的含盐量为露地生产的4倍。因为大棚生产施入的肥料不受雨水淋溶损失，除了一小部分被作物当季吸收外，未被利用的养分全部滞留在土壤中。因此，在施肥量相同的条件下，土壤溶液的浓度要比露地栽培高得多，而且由于毛细管的作用，土壤水分向上移动，导致盐分集中于耕表层内，致使大棚生产的土壤盐渍化。在盐分含量较高的土壤上栽种蔬菜等园艺作物，由于土壤溶液的渗透压太高，作物根部对土壤水分和养分的吸收遇到困难，影响作物正常生长，严重时会烧苗死根。通过土壤氮磷钾检测仪的检测分析还发现，大棚生产的土壤存在着酸性逐步增强的趋势。特别是多年连续进行大棚生产，土壤中残留的氮在微生物的作用下，以硝酸形态大量积累。实践表明，在多年连续施用硫酸按、氯化按等生理酸性肥料，土壤酸化迅速，PH值下降十分明显，构成了蔬菜等园艺作物栽培的土壤障碍。
因为，大棚种植用的有机肥料最好是纤维素多的即碳氮比高的有机肥。实行基肥深施、追肥限量，用化肥作基肥时要进行深施，最好将化肥与有机肥混合施于地表，然后进行翻耕，这样使多数肥料施到表土以下，以免过多增加表土的含盐量。追肥一般很难深施，故应严格控制用量，宁可用增加追肥次数的办法来满足蔬菜对养分的需求。另外，最好能配合土壤氮磷钾检测仪的测量进行施肥。
