莫兰蒂肆虐高雄，造成高雄市燕巢、大社等番石榴、枣子主要产区严重落果、折枝，温网室设施毁损严重。经高雄市农业局初步估计，全市农产损失金额高达4.6亿元(新台币，下同)，其中番石榴损失就破2亿元，蜜枣也正值开花结果期间，影响结果，损失超过9000万元。截至17日中午为止，莫兰迪台风造成全台农损逼近8亿。
高雄市燕巢枣农苏春宝17日早上带着记者到他果园了解灾损，他说，如果有40万元，3、4个工作天就可复原。另一边果农陈明源拿着布条将倾倒的番石榴树绑在竹杆上扶正，“不扶正的话，番石榴树泡在水中会淹死！”这季番石榴刚投资30多万元，原本10月可收成，现在被台风吹倒，一块钱都赚不到，若要全面整修，还要花十多万元。
台“农委会农粮署主秘”翁震炘表示，番石榴、蜜枣、香蕉、莲雾、西红柿是受创最惨的前五项水果；去年杜鹃台风来袭，加上年初暖冬与寒害，蜜枣质量不佳，也跟不上春节旺季，但至少农民还有得收成。今年冬天有中部柑橘类、香蕉、番石榴、柿子可吃，消费者不用担心。
养殖大县屏东的灾损也不少，“农委会渔业署副署长”黄鸿燕表示，龙胆石斑、青斑损失超过1400万元左右，灾损比农粮果树相对轻微。他表示，大多是因台风造成停电，养殖池太热、含氧浓度过高，造成石斑鱼死亡，现阶段电力已经修复八成以上。
黄鸿燕表示，另外有竹筏小船受损约20多艘，以及漂流木漂到富冈渔港，17日持续清理；前镇区四艘围网渔船缆绳断了，漂到中山大学外，其中两艘已经拖回前镇渔港，另外两艘受损比较严重，港务局逐步清理中。
